Markéta Vaňková se narodila v roce 1970 v Praze. 

Na Akademii výtvarných umění v Praze (1992–1999) postupně studovala v ateliérech Milana Knížáka, Jiřího Davida, Vladimíra Skrepla, Jindřicha Zeithammla a Michaela Bielického, přičemž diplomovala v Knížákově ateliéru.

Intermediální umělkyně Markéta Vaňková patří mezi výrazné představitelky generace 90. let, v níž se po dlouhé době významněji uplatnily ženské autorky.

V průběhu své dlouholeté umělecké činnosti měla také příležitost žít a tvořit v Grotte na Sicílii. Nyní působí v Praze, kde pokračuje ve své umělecké kariéře.